เมื่อวันที่ 17ก.ย. ที่ทำเนียบรัฐบาล น.ส.แพทองธาร ชินวัตร นายกรัฐมนตรี เป็นประธานการประชุมคณะรัฐมนตรี (ครม.) นัดแรก โดยนายกรัฐมนตรี ได้กล่าวช่วงต้นการประชุมตอนหนึ่งว่า ได้แต่งตั้งคณะกรรมการอำนวยการและบริหารสถานการณ์ อุทกภัย วาตภัย และดินโคลนถล่ม (คอส.) และจัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการช่วยเหลือผู้ประสบภัยอุทกภัย วาตภัย และดินโคลนถล่ม (ศปช.) โดยขอให้ทุกส่วนที่เกี่ยวข้องติดตามสถานการณ์อย่างใกล้ชิด ดำเนินการตามแผนงานที่วางไว้และหากมีเหตุฉุกเฉินเกิดขึ้นให้เร่งรัดดำเนินการแก้ไขปัญหาอย่างทันท่วงที โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีรายงานจากสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ (สทนช.) ว่าปริมาณน้ำฝนตกมากในพื้นที่จังหวัดภูเก็ตและพะเยา และอีกหลายจังหวัดในพื้นที่ภาคตะวันออก และเมื่อวันที่ 16 ก.ย. ได้รับแจ้งในที่ประชุมว่าเรื่องของน้ำและฝนจะหนักในวันที่ 18-21 ก.ย. ขอให้ทุกฝ่ายเตรียมพร้อมไว้ด้วย อย่างไรก็ตามได้รับแจ้งว่าระดับน้ำในจังหวัดพะเยาได้ลดลงแล้ว นักศึกษาที่ติดอยู่ได้รับการช่วยเหลือออกมาเรียบร้อยแล้ว
นายกฯ กล่าวอีกว่า ขอให้ส่วนราชการเร่งพิจารณามาตรการช่วยเหลือเยียวยาประชาชนที่ได้รับผลกระทบจากอุทกภัยเพิ่มเติม จากที่ปกติดำเนินการอยู่แล้ว เช่น ในการประชุมครม.มีเรื่องที่กระทรวงมหาดไทย เสนอมาขอใช้งบกลางประมาณ 3,000 ล้านบาท ขอทุกกระทรวงรับไปพิจารณา หากเรื่องใดที่มีความจำเป็นที่ต้องเสนอต่อครม.ก็ขอให้เร่งดำเนินการ เพื่อช่วยเหลือพี่น้องประชาชนให้ได้รับการเยียวยาเป็นไปด้วยความรวดเร็วที่สุด นอกจากนี้ขอให้หน่วยงานที่เกี่ยวกับการแจ้งเตือนภัย เช่น กระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม (ดีอี) กรมอุตุนิยมวิทยา และกรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย (ปภ.) ตรวจสอบระบบการแจ้งเตือนภัยให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น.
